Das Gymnasium Ettenheim wird im Jahr 2016 sein 175-jähriges Bestehen feiern. Somit kann die Schule auf eine lange und bewegte Geschichte zurückblicken, die demnach unmittelbar mit der Entstehungsgeschichte der heutigen Bundesrepublik und somit auch mit zahlreichen Reformen des Schulwesens verknüpft ist.
Bei der Gründung im Jahr 1841 Jahren war das Gymnasium Ettenheim bei genauerer Betrachtung der damaligen Terminologie noch kein Gymnasium im heutigen Sinne, sondern eine sogenannte höhere Bürgerschule, eine Form der städtischen Schule, die ihre Schüler nicht auf ein Universitätsstudium vorbereiten sollte, sondern auf praktische Berufe im kaufmännischen und handwerklichen Bereich. Im Gründungsjahr unterhielt nun diese höhere Bürgerschule drei Klassen mit insgesamt 82 Schülern. Im Schuljahr 1861/62 wurde die Schule dann auf sechs Klassen erweitert mit insgesamt 218 Schülern, wobei 1871 die sechste Klasse kurzzeitig vermutlich aufgrund von Platzmangel wegfallen musste.
Durch die Errichtung des bis heute genutzten Hauptgebäudes im Jahre 1875 bekam die Schule dann wieder die sechste Klasse zurück, das dann im Jahre 1884 um eine siebte Klasse erweitert und zum Realprogymnasium umbenannt wurde. Als Realprogymnasium wurden im damaligen Deutschen Kaiserreich nach Verordnung vom 31. März 1882 Realgymnasien ohne Prima (oberste Schulklasse vor dem Abitur) bezeichnet. Nach dem Vorbild der Karlsruher Reformschule wurde dann im Zuge des neuen Lehrplanes die Sprachenfolge für die Gymnasien festgelegt. Somit wurde Französisch von Klasse 5 bis 13, Latein von Klasse 8 bis 13, Englisch von Klasse 10 bis 13 und Griechisch freiwillig ab Klasse 8 eingeführt.
Nachdem dann das Gymnasium im Jahr 1900 zum neunklassigen Realgymnasium im heutigen Sinne wurde, konnte im Jahre 1901 die erste Abiturprüfung am Gymnasium Ettenheim stattfinden und ein Jahr später wurden dann auch erstmals Schülerinnen am Gymnasium aufgenommen. Die kleine Turnhalle, die heute noch für den Oberstufen-Fastnachtsball oder andere Veranstaltungen genutzt wird, wurde 1906 im Klinker-Stil errichtet. Sechs Jahre später wurden dann Fachräume für die Naturwissenschaften Chemie und Physik eingerichtet. Seit 1910 gab es erstmals in einigen Räumen des Gymnasiums elektrisches Licht.
Das bis heute praktizierende Schulorchester wurde im Jahre 1910 gegründet. Die Ettenheimer Schulgemeinde, welche der Schule bis heute eine unerlässliche Stütze bei zahlreichen Anschaffungen oder außerordentlichen Zuwendungen (Musikinstrumente, Sportgeräte, Geldzuwendungen, Theaterrequisiten, Ausstattung der Klassenräume, Kopiergeräte, Computer usw.) ist, wird 1926 ins Leben gerufen.
Im Zuge der nationalsozialistischen Machtübernahme und der damit verbundenen Reichsschulreform wurde die Schule 1936 in Johann-Fischart-Oberschule (frühneuhochdeutscher Schriftsteller aus dem 16. Jahrhundert) umbenannt. Sowohl Gleichschaltung als auch Antisemitismus waren deutlich durch die NS-Herrschaft im Gymnasium spürbar. Ehemalige, jüdische Schüler des Gymnasiums berichteten von Diffamierung, Ausgrenzung und Verfolgung während des Schulalltags. Ab 1935, als die Nürnberger Rassegesetze in Kraft traten, verschlechterte sich der Schulalltag für die jüdischen Schüler zusehends und nahm dann vorerst mit der Reichspogromnacht im November 1938 ihren vorläufigen Höhepunkt. Gegen Ende 1938 durften keine jüdischen Schüler mehr am Unterricht teilnehmen. Für die Zeit des Zweiten Weltkrieges existieren keine Dokumente bzw. waren nicht mehr auffindbar. Vermutlich hatten die Nationalsozialisten diese kurz vor der Kapitulation im Mai 1945 vernichtet.
Zum Gedenken an die vom NS-Regime verfolgten, vertriebenen und ermordeten jüdischen Schüler des Ettenheimer Gymnasiums hat die Schule zum Jahrestag der Reichspogromnacht am 9. November 2012 eine Gedenktafel errichtet.
Da das Hauptgebäude im Zweiten Weltkrieg nicht zerstört worden war, wurde es zunächst von den Alliierten beschlagnahmt und für administrative Zwecke genutzt. Dennoch hatten schon im September 1945 drei Lehrkräfte begonnen, den Unterricht im Amtshaus wieder aufzunehmen.
Zu Beginn der 1960er-Jahre wurden durch die Renovierung des Zeichensaals und die Umgestaltung in Form der Wohnungsauflösung des Rektors und des Hausmeisters neue Klassenräume geschaffen. Im Zuge dieser Maßnahmen entstanden der Biologie-Saal sowie der dazugehörige Sammlungsraum. Ebenfalls wurde im Schuljahr 1959/60 die erste Sekretärin am Gymnasium eingestellt. Diese Raumerweiterung machte sich auch beim Anstieg der Schülerzahlen bemerkbar. Erstmals hatte die Schule im Jahre 1966 zwei Eingangsklassen zu verzeichnen.
Mitte der 70er-Jahre erweiterte sich die Schule auf zwölf Klassen und im Jahre 1976 wird Herr Schützhoff als Nachfolger von Herrn Korn als Schulleiter benannt. Im Schuljahr 1977/78 trat die Oberstufenreform in Kraft. Somit konnten die Schüler erstmals Kurse wählen. Ebenfalls zum ersten Mal fand in diesem Jahr ein Abi-Ball zur Verabschiedung der Abiturienten statt.
Aufgrund von massiven Raumproblemen und steigenden Schülerzahlen (die Schule hatte 1980 über 300 Schüler und 15 Klassen) entstand Ende der 1970er-Jahre ein Schulpavillon, indem zunächst drei Klassen untergebracht werden konnten. Die Raumprobleme der Schule wurden im Schuljahr 1982/83 so dramatisch, dass einige Klassen der nunmehr über 400 Schüler fassenden Schule in externe Räumlichkeiten der Grund- und Hauptschule ausgelagert werden mussten (sogenannte Wanderklassen). Konsequenz der steigenden Schülerzahlen war, dass auch die Lehrerzahl auf 43 gestiegen war und die Schule durchgehend zweizügig wurde (Schuljahr 1983/84). Aus den besagten Platzgründen benötigte die Schule dringend eine neue Sporthalle, die dann ab dem Schuljahr 1982 erstmals genutzt werden konnte (Herbert-König-Halle).
Um den Raumproblemen entgegen zu wirken, wurde zu Beginn des Jahres 1986 der Neubau fertiggestellt (der heutige Fachraumbau) und die Sanierung des Altbaus und der kleinen Turnhalle konnte begonnen werden. Die Sanierung wurde 1987 abgeschlossen. Ende der 1980er-Jahre wurde am Mühlenweg ein neuer Leichtathletikplatz eingeweiht, der die Unterrichtsbedingungen in Sport erheblich verbesserte.
Mitte der 1980er-Jahre führte die Schule erstmals Projekttage durch. Der heute aus dem Schulalltag nicht mehr wegzudenkende Schüler-Eltern-Lehrer-Chor (SEL-Chor) wurde im Jahr 1990 ins Leben gerufen. Wie auch zur 125-Jahr-Feier (1967/68) erschien auch zur 150-Jahr-Feier (1991) der Schule ein Festbuch, das unter der Leitung von Herrn Wilfried Holzmann erstellt wurde.
Nach 18 Jahren Schulleitung wurde Herr Schützhoff im Jahr 1994 in den Ruhestand verabschiedet. Herr Dr. Nübler wurde sein Nachfolger. Ein Jahr darauf fand zum ersten Mal der alljährliche Fastnachts-Ball der Oberstufe statt. Der traditionelle Schulhock wurde im Sommer 1999 erstmals von den Eltern organisiert und durchgeführt.
Gegen Ende der 1990er-Jahre wurde im Zuge der zunehmenden gesellschaftlichen Technologisierung im Fachbau ein Computerraum errichtet.
Im Zuge der Modernisierung der Schule wurde im Jahr 2005 ein Neubau mit insgesamt 14 neuen Räumen, der an das ursprüngliche Hauptgebäude angegliedert wurde, errichtet und eingeweiht. Zusätzlich entstanden dabei ein großer Musiksaal, ein Foyer, ein weiterer Fach- (Geographie) und ein weiterer Besprechungsraum. Dass diese Raumerweiterung dringend notwendig war, unterstreicht die Tatsache, dass im Jahre 2011 bis auf zwei Jahrgänge alle dreizügig waren. Die Schülerzahl erreichte in diesem Schuljahr mit über 580 Schülern einen vorläufigen Höchststand.
Das Fach Spanisch kann seit 1996 als dritte Fremdsprache alternativ zu Latein gewählt werden. Ebenso lange gibt es das Fach Naturphänomene. Naturwissenschaft und Technik (NWT) wurde vorzeitig im Schuljahr 2005/06 am Gymnasium Ettenheim eingeführt. Das im Jahr 2007 erstmals eingeführte Kunstprojekt der 8. Klassen bleibt bis heute ein wesentlicher Bestandteil des individuellen Schulprofils.
Ein Jahr später wurden dann durch die Einrichtung eines Oberstufenarbeitsraumes (PC-Ausstattung) und Bibliotheksräumen letzte Renovierungsarbeiten im Altbau abgeschlossen. Im Laufe der Jahre 2010-2013 konnten die Medienausstattung aller Räume des Schulhauses so vervollständigt werden, dass eine zeitgemäße Visualisierung durch Bereitstellung von Computer mit Internetzugang und Beamerpräsentation im Unterricht möglich ist. Im Jahr 2012 konnte die umfangreiche Medienausstattung sowie die Einrichtung eines zweiten Computer-Fachraumes abgeschlossen bzw. umgesetzt werden.
Im Jahr 2010 wurde nach 16 Jahren Schulleitung Herr Dr. Nübler von Herrn Dr. Woitzik als Schulleiter abgelöst. Herr Dr. Woitzik war es dann auch, der 2012 den Doppeljahrgang ins Abitur begleitete. Zum letzten Mal legte ein Abiturjahrgang am Gymnasium Ettenheim nach neun Jahren sein Abitur ab.
Im Juli 2013 bestätigte sowohl die Gemeinde Ettenheim als auch das Regierungspräsidium Freiburg den Bau einer Mensa mit neuem BK-/NWT-Fachbereich im östlichen Bereich des Schulareals.
Im Juli 2015 wurde der Mensabau mit neuem BK-/NWT-Fachbereich im östlichen Bereich des Schulareals eingeweiht.